一、潮龟科
潮龟科是龟鳖目下属的一个科，现存物种约21～24属56种，本科有一些和龟科类似的成员，如闭壳龟和箱龟一样可以将壳完全封闭，我国常见的龟类多数是潮龟科物种，代表物种有乌龟、黄候拟水龟、三线闭壳龟、安布闭壳龟、安南龟等。
二、陆龟科
陆龟科是龟鳖目下属的一个科，现存物种有10属39种，10个属分别是马来陆龟属、地鼠龟属、印度陆龟属、陆龟属、四爪陆龟属、薄饼陆龟属、象龟属、鹰嘴陆龟属、几何陆龟属、折背陆龟属、扁尾陆龟属和巨龟属，代表物种有豹纹陆龟、苏卡达象龟、加拉帕戈斯象龟等。
三、海龟科
海龟科是龟鳖目下属的一个科，现存物种有4属6种(我国有4属4种)，广泛分布于热带、亚热带海洋，这6种龟类分别是蠵龟属的蠵龟、海龟属的海龟和绿海龟、玳瑁属的玳瑁、丽龟属的肯氏丽龟和太平洋丽龟。
四、两爪鳖科
两爪鳖科是龟鳖目下属的一个科，现存物种只有两爪鳖一种，两爪鳖别称猪鼻龟、飞河龟、拟鳖等，主要分布在新几内亚岛(福来河流域)、伊里安查亚(印度尼西亚)、澳大利亚北部(北领地河流)等地。
五、棱皮龟科
棱皮龟科是龟鳖目下属的一个科，现存物种只有棱皮龟一种，棱皮龟是体型最大的龟类，因体背有7行纵棱、腹部有5行纵棱而得名，龟广泛分布于太平洋、印度洋和大西洋，我国东海、南海均有分布。
六、鳄龟科
鳄龟科是龟鳖目下属的一个科，现存物种有2属4种，分别是拟鳄龟属的中美拟鳄龟、南美拟鳄龟、北美拟鳄龟和真鳄龟属的真鳄龟，广泛分布于北美洲东部、中美洲、南美洲西北部等地。
七、动胸龟科
动胸龟科是龟鳖目下属的一个科，现存物种约有3～4属22种，分布于新大陆从美国到南美洲北部，其中很多成员胸甲可以活动、能将壳完全封闭并因而得名，常生活于泥泞的环境中，有些种类善于攀爬，代表物种有动胸龟、麝香龟等。
八、泥龟科
泥龟科是龟鳖目下属的一个科，现存物种只有泥龟一种，泥龟体型较大，背甲超过半米，主要分布在墨西哥南部、危地马拉、伯利兹等地，主要生活在淡水中，也可见于海湾、泻湖。
九、平胸龟科
平胸龟科是龟鳖目下属的一个科，现存物种只有平胸龟一种，平胸龟因背腹极扁平而得名，别称鹰嘴龟、大头平胸龟、鹰龟等，广泛分布于中国和东南半岛，喜生活在山润清澈的溪流中。
十、水龟科
水龟科是龟鳖目下属的一个科，现存物种约8～10属34种，主要分布于北美洲南部，少数种类向北到达加拿大，向南到达中南美洲和加勒比海岛屿，还有一种即欧洲龟分布于欧洲、北非和中东，代表物种有锦龟、地图龟、彩龟、红耳龟等。
十一、侧颈龟科
侧颈龟科是龟鳖目下属的一个科，现存物种5属25种，主要分布在南美洲、非洲及附近地区，尤以非洲为多，5个属分别是达加斯加侧颈龟属、侧颈龟属、亚马逊侧颈龟属、非洲侧颈龟属和南美侧颈龟属，代表物种有黄腹泥龟、马达加斯加侧颈龟等。
十二、蛇颈龟科
蛇颈龟科是龟鳖目下属的一个科，现存物种11属45种，主要分布在大洋洲和南美洲，事实上蛇颈龟科也是大洋洲主要的淡水龟类，直到不久前在澳洲还有蛇颈龟科的新属新种被发现，代表物种有澳洲长颈龟、枯叶龟、黑腹刺颈龟等。
